Lanzada la aplicación Covid-Phym

Message boards : Noticias : Lanzada la aplicación Covid-Phym
Message board moderation

To post messages, you must log in.

1 · 2 · 3 · 4 · Next

AuthorMessage
Francisco Sanz
Volunteer moderator
Project administrator
Project developer
Project tester
Volunteer developer
Volunteer tester
Project scientist
Help desk expert

Send message
Joined: 11 Apr 20
Posts: 58
Credit: 342
RAC: 0
Message 32 - Posted: 24 Apr 2020, 11:33:43 UTC

Hola a todos!

Finalmente, hemos lanzado la aplicación Covid-Phym

El objetivo de esta aplicación, lanzada por el CSIC, es testear fármacos que ya funcionan en el tratamiento de otras enfermedades virales, y ver como actúan contra el coronavirus 2 (SARS-CoV-2).

Toda la información del proyecto (objetivos, equipo investigador, etc) y notas de prensa están disponibles en la página web de Ibercivis:



https://ibercivis.es/project/proyecto-covid-phym/
https://ibercivis.es/puesta-en-marcha-del-proyecto-de-ciencia-ciudadana-covid-phym-ayudanos-a-bloquear-la-maquinaria-de-replicacion-del-coronavirus/
https://ibercivis.es/wp-content/uploads/2020/04/PROYECTO-COVID-IBERCIVIS.pdf
ID: 32 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
Vicente

Send message
Joined: 24 Apr 20
Posts: 1
Credit: 3,063
RAC: 0
Message 34 - Posted: 24 Apr 2020, 11:49:37 UTC - in response to Message 32.  

Hola, estoy utilizando esta herramienta y me gustaría saber como realiza esos cálculos, es decir, como funciona mas o menos dicha herramienta.
El tiempo restante estimado me sale que es 1dia y 3 horas, si le doy a suspender sin que haya pasado esa tiempo se pierde todo lo que ha hecho el ordenador??
ID: 34 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
Francisco Sanz
Volunteer moderator
Project administrator
Project developer
Project tester
Volunteer developer
Volunteer tester
Project scientist
Help desk expert

Send message
Joined: 11 Apr 20
Posts: 58
Credit: 342
RAC: 0
Message 36 - Posted: 24 Apr 2020, 13:38:23 UTC - in response to Message 34.  
Last modified: 24 Apr 2020, 13:45:48 UTC

Hola, estoy utilizando esta herramienta y me gustaría saber como realiza esos cálculos, es decir, como funciona mas o menos dicha herramienta.
El tiempo restante estimado me sale que es 1dia y 3 horas, si le doy a suspender sin que haya pasado esa tiempo se pierde todo lo que ha hecho el ordenador??


Hola, respecto a la segunda pregunta. Si se suspende el ordenador, no hay problema, continuará donde lo ha dejado. Sin embargo, si lo apagas, el cálculo se iniciará de nuevo (hasta que implementemos el "checkpoining")

Respecto a la primera, voy a intentar contestarte.

La idea es ver como se comportan fármacos ya conocido en el tratamiento del COVID-19

Simplificando mucho:

Cuando el virus entra en la célula huesped, libera su ARN. Los ribosomas de la célula siguen las instrucciones de este ARN viral para fabricar un conjunto de proteinas. La que nos interesa es la ARN-Polimerasa (esta generará miles de copias iguales del ARN viral, que se encargará de crear nuevas copias del virus)

Bien, existen modelos informáticos bastante precisos de la ARN-Polimerasa y de fármacos ya conocidos que se usan para tratar otras enfermedades víricas

La aplicación lo que hace es testear fármacos existentes, viendo como sus "moléculas" se "conectan" con el ARN-Polimerasa (si el fármaco se conecta, impide la gerenación de copias de ARN viral y por tanto la replicación viral)

Cada workunit que mandamos, ejecuta comandos similar a este:

./vina --receptor "ARN_Polimerasa" --ligand "farmacos" .......


Y lo que hace es "jugar" con la estructura de los receptores y ligandos tratando de "encajar" las dos piezas.

Recuerda, estoy oversimplificando y no es del todo correcto, pero creo que se entiende la idea
ID: 36 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
Damid34

Send message
Joined: 24 Apr 20
Posts: 1
Credit: 56,235
RAC: 0
Message 45 - Posted: 24 Apr 2020, 18:21:21 UTC

Hola, estoy utilizando esta herramienta desde hace poco tiempo, pero en cuanto me he enterado de este proyecto he priorizado en exclusiva. Creo que es muy importante que este proyecto se difunda, igual que todos los días estamos aplaudiendo al personal sanitario y a todos los que están colaborando contra este virus, creo que es esencial el apoyo a la ciencia. En estos días todos estamos en casa y usando el ordenador, más fácil imposible, solo hace falta que la gente lo conozca y vea que es un sencillo gesto.
Por favor indicarme si estáis en las redes sociales para referenciaros y difundirlo entre mis contactos.
Gracias!!!
ID: 45 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
seronegativo

Send message
Joined: 17 Apr 20
Posts: 36
Credit: 754,923
RAC: 0
Message 46 - Posted: 24 Apr 2020, 18:33:30 UTC - in response to Message 45.  

Hola, en Twitter tienes la noticia del lanzamiento del proyecto.

https://twitter.com/Ibercivis
ID: 46 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
Javier Cascallana

Send message
Joined: 24 Apr 20
Posts: 7
Credit: 938,350
RAC: 0
Message 48 - Posted: 24 Apr 2020, 19:03:28 UTC - in response to Message 46.  

Gracias, no lo había visto en Twitter, vamos a seguirles.
ID: 48 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
ramolo

Send message
Joined: 24 Apr 20
Posts: 1
Credit: 39,231
RAC: 0
Message 55 - Posted: 25 Apr 2020, 8:54:01 UTC

Buenos días. Soy nuevo en esto, pero en cuanto me he enterado me he puesto manos a la obra para ayudar en lo que me sea posible. Muchas gracias por vuestro esfuerzo en beneficio de todos.

En cuanto me di de alta la aplicación empezó a trabajar. Sin embargo, después de estar toda la noche calculando, me dice que el trabajo está al 100% y que "no hay trabajo disponible para procesar" (estoy en Ubuntu). ¿Cómo puedo seguir procesando tareas? Hay una opción para "Reiniciar proyecto" que indica que borra los archivos actuales y pide nuevas tareas, pero me da miedo pulsarla por si se carga el trabajo que ya ha hecho (aunque supongo que ya lo habrá enviado).

Agradezco cualquier ayuda para continuar procesando. Muchas gracias y saludos.
ID: 55 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
seronegativo

Send message
Joined: 17 Apr 20
Posts: 36
Credit: 754,923
RAC: 0
Message 56 - Posted: 25 Apr 2020, 8:56:06 UTC - in response to Message 55.  

Ahora mismo no hay tareas disponibles para procesar. Según Fran lanzarán más en el día de hoy.
ID: 56 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
Marta V

Send message
Joined: 25 Apr 20
Posts: 1
Credit: 0
RAC: 0
Message 58 - Posted: 25 Apr 2020, 9:10:02 UTC

Hola!
Acabo de bajarme el programa y pone 0 proyectos. Tengo un Mac, no es compatible con Mac? He intentado mirar en "ayuda" pero el link no funciona.
Un saludo y muchas gracias.
ID: 58 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
sclusion

Send message
Joined: 25 Apr 20
Posts: 3
Credit: 36,913
RAC: 0
Message 59 - Posted: 25 Apr 2020, 9:47:42 UTC

Buenos días. Enhorabuena por el proyecto.

Ya estaba participando en otros de otros países que también usan los equipos de la gente para acelerar las investigaciones.

Ahora no hay tareas pendientes. ¿La aplicación las busca de forma automática cuando se encuentra en segundo plano o hay que darle a buscar de forma manual?

Reiterar nuevamente mi agradecimiento.
ID: 59 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
seronegativo

Send message
Joined: 17 Apr 20
Posts: 36
Credit: 754,923
RAC: 0
Message 61 - Posted: 25 Apr 2020, 10:19:14 UTC - in response to Message 59.  

La aplicación boinc se conectará al servidor de ibercivis en base a la configuración que tengas en la aplicación, lo hace automáticamente y puedes ajustar la frecuencia desde las preferencias de la misma.
ID: 61 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
sclusion

Send message
Joined: 25 Apr 20
Posts: 3
Credit: 36,913
RAC: 0
Message 62 - Posted: 25 Apr 2020, 10:32:36 UTC - in response to Message 61.  

La aplicación boinc se conectará al servidor de ibercivis en base a la configuración que tengas en la aplicación, lo hace automáticamente y puedes ajustar la frecuencia desde las preferencias de la misma.


Muchas gracias.
ID: 62 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
seronegativo

Send message
Joined: 17 Apr 20
Posts: 36
Credit: 754,923
RAC: 0
Message 63 - Posted: 25 Apr 2020, 10:41:11 UTC - in response to Message 62.  
Last modified: 25 Apr 2020, 10:41:36 UTC

Aquí puedes ver si hay tareas disponibles en el servidor para enviarlas a nuestros equipos.
A la derecha en task ready to send

https://boinc.ibercivis.es/ibercivis/server_status.php
ID: 63 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
Robertomcat
Avatar

Send message
Joined: 24 Apr 20
Posts: 2
Credit: 1,090
RAC: 0
Message 71 - Posted: 25 Apr 2020, 12:26:29 UTC

Buenas tardes!

Se me han asignado muchas tareas, pero en todas ellas pone que la descarga ha sido fallida. Tengo que hacer algo en concreto, o ya se descargarán automáticamente cuando pase un tiempo?
ID: 71 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
Francisco Sanz
Volunteer moderator
Project administrator
Project developer
Project tester
Volunteer developer
Volunteer tester
Project scientist
Help desk expert

Send message
Joined: 11 Apr 20
Posts: 58
Credit: 342
RAC: 0
Message 72 - Posted: 25 Apr 2020, 12:29:07 UTC - in response to Message 71.  

Hola, había un problema con los permisos en algunos directorios del servidor, y por eso no podían descargarse los ficheros necesarios. Está resuelto, tu cliente de boinc volverá a intentar descargar esos ficheros o cancelará el trabajo.

Gracias
ID: 72 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
Javier Cascallana

Send message
Joined: 24 Apr 20
Posts: 7
Credit: 938,350
RAC: 0
Message 75 - Posted: 25 Apr 2020, 12:34:15 UTC - in response to Message 72.  

Buenas tardes.
Sigue dando error de descarga fallida
ID: 75 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
Robertomcat
Avatar

Send message
Joined: 24 Apr 20
Posts: 2
Credit: 1,090
RAC: 0
Message 77 - Posted: 25 Apr 2020, 12:51:27 UTC - in response to Message 72.  
Last modified: 25 Apr 2020, 12:55:19 UTC

Si, ahora mismo en mi ordenador personal se han puesto a trabajar los 12 hilos del procesador, aunque en el servidor que tengo en otra ubicación la cosa sigue estando quieta, de momento no se ha descargado nada. Cómo es que no se le asignan tareas a la tarjeta gráfica que tiene una capacidad de cómputo muy superior a la de un procesador? Un saludo.
ID: 77 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
Francisco Sanz
Volunteer moderator
Project administrator
Project developer
Project tester
Volunteer developer
Volunteer tester
Project scientist
Help desk expert

Send message
Joined: 11 Apr 20
Posts: 58
Credit: 342
RAC: 0
Message 78 - Posted: 25 Apr 2020, 12:56:36 UTC - in response to Message 77.  

Hola

La aplicación que estamos usando ahora mismo es autodock_vina para CPU. En un futuro próximo trataremos de explorar otros programas de docking para GPU.

Un saludo
Fran
ID: 78 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
Luis Miguel

Send message
Joined: 25 Apr 20
Posts: 4
Credit: 142
RAC: 0
Message 93 - Posted: 25 Apr 2020, 16:30:25 UTC - in response to Message 36.  

Buenas tardes,
Sería positivo que implementéis cuanto antes la herramienta "checkpoining" para ser eficaz en el tiempo y energía utilizadas.

Muchas gracias.
Un saludo.
ID: 93 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
Francisco Sanz
Volunteer moderator
Project administrator
Project developer
Project tester
Volunteer developer
Volunteer tester
Project scientist
Help desk expert

Send message
Joined: 11 Apr 20
Posts: 58
Credit: 342
RAC: 0
Message 94 - Posted: 25 Apr 2020, 16:32:17 UTC - in response to Message 93.  

Buenas tardes,
Sería positivo que implementéis cuanto antes la herramienta "checkpoining" para ser eficaz en el tiempo y energía utilizadas.

Muchas gracias.
Un saludo.


Hola Luis Miguel. Toda la razón del mundo. Durante la semana que viene queremos trabajar en ello

Fran
ID: 94 · Rating: 0 · rate: Rate + / Rate - Report as offensive     Reply Quote
1 · 2 · 3 · 4 · Next

Message boards : Noticias : Lanzada la aplicación Covid-Phym

©2021 CC-BY-4.0